Tháng 10 năm 1961, các trường Chuyên môn được tách ra khỏi Liên trường Võ khoa Thủ Đức (ngoại trừ 3 Trường Bộ binh, Thiết giáp và Thể dục Quân sự).

Năm 1962, phù hiệu của Liên trường Võ khoa Thủ đức gồm ngọn lửa hồng bao quanh thanh kiếm bạc trong nền xanh và được ghi thêm phương châm Cư An Tư Nguy (Có nghĩa là muốn sống yên ổn thì phải nghĩ đến lúc hiểm nguy. Suy rộng ra: "Muốn Hòa bình phải chuẩn bị Chiến tranh") do sáng kiến của Đại tá Phan Đình Thứ (tự Lam Sơn) đương nhiệm Chỉ huy trưởng của trường.

Ngày 1 tháng 8 năm 1963, Trường lấy lại danh hiệu cũ lúc ban đầu là Trường sĩ quan trừ bị Thủ Đức. Năm 1964, Trường lãnh thêm nhiệm vụ đào tạo các cán bộ Đại đội trưởng và Tiểu đoàn trưởng (theo chương trình học, khi mãn khóa được cấp văn bằng tốt nghiệp Đại đội trưởng hoặc Bộ binh Cao cấp). Cũng kể từ năm này các thí sinh muốn trúng tuyển vào học sĩ quan trừ bị phải có văn bằng Tú tài 1 trở lên hoặc chứng chỉ tương đương. Ngày 1 tháng 7/ năm 1964 Trường được cải danh thành Trường Bộ binh Thủ Đức

Trường đào tạo từ khóa 1 (1951) đến khóa 27 theo thứ tự từng năm nhưng khi chiến cuộc leo thang, nhu cầu đòi hỏi nhiều sĩ quan khiến số khóa tăng lên từ 2 khóa mỗi năm. Kể từ năm 1968 trở đi thì mỗi khóa được gọi là "1/68", "2/68", "1/69", "2/69"...[1].

Trong khuôn viên Trường có một đài tưởng niệm gọi là Trung nghĩa Đài ghi bốn chữ "Tổ quốc ghi ơn."[2] Kể từ năm 1968 công việc đào tạo sĩ quan trừ bị của Trường Thủ Đức được bổ túc bởi Trường Hạ sĩ quan Quân lực Việt Nam Cộng hòa, thường gọi là Trường Đồng Đế ở Nha Trang.[3]

Cuối năm 1973, Trường Bộ binh Thủ Đức được lệnh di chuyển về Huấn khu Long Thành. Đến giữa tháng 4 năm 1975 lại di chuyển về Thủ Đức.

Trường Bộ binh Thủ Đức giải thể vào năm 1975, khi Việt Nam Cộng hòa sụp đổ. Trong thời gian hoạt động 1951-1975, Trường Thủ Đức đã đào tạo hơn 80.000 sĩ quan trong đó khoảng 4.000 sĩ quan đặc biệt.[4]